Tajikistan có khí hậu lục địa, cận nhiệt đới và sa mạc với một số khu vực sa mạc. Tuy nhiên, Khí hậu thay đổi mạnh theo độ caon. Thung lũng Fergana và các vùng đất thấp khác được che chở bởi các ngọn núi từ khối khí Arctic nhưng nhiệt độ trong vùng đó vẫn xuống dưới mức đóng băng trong hơn 100 ngày một năm. Ở vùng đất thấp nhiệt đới tây nam có nhiệt độ khí trung bình cao nhất, khí hậu là khô cằn, mặc dù một số khu vực đang được tưới tiêu nông nghiệp. Tại nơi độ cao thấp hơn của Tajikistan, nhiệt độ trung bình khoảng từ 23 đến 30 °C (73 đến 86 °F) vào tháng 7 và −1 đến 3 °C (30 đến 37 °F) vào tháng 1. Ở phía đông Pamirs, nhiệt độ trung bình tháng 7 từ 5 đến 10 °C (41 đến 50 °F) và nhiệt độ trung bình tháng 1 là từ −15 đến −20 °C (5 đến −4 °F).[6]

Tajikistan là vùng ẩm ướt nhất trong các nước cộng hòa Trung Á, với lượng mưa trung bình hàng năm ở thung lũng Kafernigan và Vakhsh ở phía nam khoảng 500 đến 600 mm (20 đến 24 in) và 1.500 mm (59,1 in) ở vùng núi. Tại sông băng Fedchenko, mỗi năm tuyết rơi 223,6 cm (88,0 in). Chỉ ở phía bắc thung lũng Fergana và vùng bóng mưa phía đông Pamirs là lượng mưa thấp như các khu vực khác của Trung Á: ở phía đông Pamirs ít hơn 100 mm (3,94 in) rơi mỗi năm. Hầu hết mưa trong mùa đông và mùa xuân.